高精度空间平台（Stereo-seq、Xenium、HD）的时空通讯动态

作者，Evil Genius

现在高精度的空间平台慢慢成为了空间分析的主流了，所以我们需要更新分析的流程和内容了，已经更新了很多了，但还是不够。

今天我们需要更新的是，高精度平台（单细胞级别的空间数据）的时空通讯动态。

一些空间分析的常识

1、组织内邻近的细胞通过配体-受体信号相互作用进行交流。

2、细胞信号是基于一个简单的见解，即信号是当配体和受体在近距离表达时，在特定组织位置发生的蛋白质-蛋白质相互作用。

3、单细胞通讯的分析方法（ CellPhoneDB, CellChat, NicheNet, SingleCellSignalR）有明显的缺陷，(1)它们不包含关于细胞空间接近度的信息；(2)他们推断细胞群之间的信号传导，而不是单细胞的分辨率。

4、信号从根本上归结为在组织中特定位置发生的配体和受体之间的蛋白质-蛋白质相互作用。相互作用发生的位置反过来又由细胞周围的完整空间微环境决定；细胞在相互作用之前不会检查其他细胞的“类型”。

5、细胞-细胞通讯研究的另一个关键挑战是验证真实组织中推断的信号活动。以前的方法通常只依赖于计算验证，因此不能令人信服地证明它们在真实组织环境中的准确性和适用性。

分析思路、空间单细胞分辨率下识别信号相互作用的位置和动力学

细胞信号的关键思想是配体-受体信号从根本上是由发生在特定组织位置的蛋白质-蛋白质相互作用驱动的。

当所有必需的配体和受体成分在近距离空间内表达时，这种相互作用就会发生。

接触依赖相互作用要求细胞在组织中直接相邻

依赖扩散的相互作用可以影响不直接靠近源细胞的细胞，但信号强度仍然取决于空间接近度（200